Capítulo 31 Diversificação baseada em terminais (tip-speciation)
Uma das medidas mais comuns de taxa de especiação/diversificação nos terminais (tipDR) é a de Jetz et al. (2012), que é o inverso da medida equal splits de Redding and Mooers (2006). Veja também uma outra medida de diversificação em terminais no ClaDS Maliet, Hartig, and Morlon (2019).
Carregar dados.
require(ape)
#> Le chargement a nécessité le package : ape
require(phytools)
#> Le chargement a nécessité le package : phytools
#> Le chargement a nécessité le package : maps
require(picante)
#> Le chargement a nécessité le package : picante
#> Le chargement a nécessité le package : vegan
#> Le chargement a nécessité le package : permute
#> Le chargement a nécessité le package : lattice
#> This is vegan 2.6-4
#>
#> Attachement du package : 'vegan'
#> L'objet suivant est masqué depuis 'package:phytools':
#>
#> scores
#> Le chargement a nécessité le package : nlme
require(geiger)
#> Le chargement a nécessité le package : geiger
# Filogenia
tree<-read.tree("dadospcm/primate-tree.txt")
plotTree(tree,fsize=0.4,ftype="i",type="fan",lwd=1)
# Atributos
dados<-read.table("dadospcm/primate-data.txt",h=T,row.names=1)
# Recortar filogenia
match.species<-treedata(tree,dados)
tree<-match.species$phy
plotTree(tree,fsize=0.5,ftype="i",type="fan",lwd=1)
DR.
ES = evol.distinct(tree, type = "equal.splits")$w
DR = 1/ES
# Plot
names(DR)=tree$tip.label
contMap(tree,DR)
O tamanho corporal influencia a diversificação?
